产品名称：
高性能计算与人工智能算法
发布日期：
2021-12-17 14:22
1.可逆多时间尺度积分与快速多极法结合的分子动力学模拟方法
快速多极法 (FMM)是一种计算粒子间长程静电相互作用的快速算法，可逆多时间尺度积分(r-RESPA)方法则将体系的运动时间尺度的不同分别进行运动方程积分的算法。 r-RESPA/FMM方法实现了在与速度verlet积分算法类似的精度的条件下，采用更快的时间步长。以努力提高非立方或非均匀系统的效率。通过使用 r-RESPA/ FMM，可以对非常大的生物分子进行 MD 模拟，因为内存和CPU 时间要求现在几乎是 O (N) 而不是 O (N2)。
库伦势展开多极子:
可逆多时间尺度积分:
2. 疏水辅助副本交换：一种在显式溶剂中蛋白质折叠的有效算法
仅减弱蛋白和水溶剂之间的相互作用，间接增强蛋白内部的疏水性
通过metropolis 方法使不同λ的副本的交换满足细致平衡
相较于传统的副本交换方法，在更少副本数的前提下取得了更快的蛋白质折叠
3. 溶质退火副本交换
传统的副本交换方法需要的副本数增长与体系的自由度f增长的关系为 O(f1/2)，使得传统的副本交换方法难以引用到大体系计算。与之对比，溶质退火副本交换需要的副本数增长与体系的自由度f增长的关系为 O(fp1/2)，其中fp为体系中选取溶质的自由度，对大体系的采样效率更有效率。
